增值稅一般納稅人進行自查屬于專項內部審計，定期或不定期地自查稅額計算中有無漏洞和問題，不僅是保證財會資料及涉稅數(shù)據(jù)準確完整的必要步驟，也可作為接受稅務稽查的前期準備，同時也是健全企業(yè)內部管理流程的需要。
符合增值稅一般納稅人標準的企業(yè)都具有一定的經營規(guī)模，稅收法規(guī)明確規(guī)定了一般納稅人的銷售規(guī)模標準，也對其會計核算健全與否提出了要求。增值稅的核算既與企業(yè)“進、銷、存”的物流過程絲絲相扣，又與企業(yè)“供、產、銷”的現(xiàn)金流程緊密相關，企業(yè)的合同簽訂(付款及收貨條款)、質檢規(guī)定(非正常損失條款)、投資籌資(實物贈出或受贈條款)等等行為或規(guī)定都與增值稅有關。因此說，交納增值稅的企業(yè)不應把增值稅的核算與管理僅僅局限在財務管理的范疇，而應將其納入企業(yè)經營管理的內部管理流程中。進行增值稅定期、不定期的自查，是有助于企業(yè)內部管理流程的建立健全，有助于維護企業(yè)經營管理中的稅收利益的。
增值稅一般納稅人如何進行有序有效的自查呢?就一般情況而言，企業(yè)可按如下步驟進行自查：
第一步，制度、法規(guī)相對照，即企業(yè)內部增值稅財會處理規(guī)定與增值稅條例規(guī)定之間的對照檢查。檢查目的是了解企業(yè)制定的內部財會規(guī)定與增值稅法律法規(guī)之間是否存在差異，其差異是否會造成增值稅違章。主要對照以下方面：
1．企業(yè)內部制度規(guī)定計算增值稅進項稅的時間是否符合工業(yè)企業(yè)貨物入庫、商業(yè)企業(yè)付清貨款及接受加工、修理修配勞務付清款項的時間限定?如不相符，則企業(yè)計算進項稅的時間可能有前移或后錯的問題。
2．企業(yè)內部制度規(guī)定計算銷售及增值稅銷項稅的時間是否與增值稅法規(guī)規(guī)定的納稅義務發(fā)生的時間相一致?如不相符，則企業(yè)計算銷項稅的時間可能有前移或后錯的問題。
3．企業(yè)內部制度規(guī)定開具增值稅發(fā)票的時間是否與增值稅法規(guī)規(guī)定的開具增值稅發(fā)票的時間相一致?如不相符，則會產生開具發(fā)票時間與銷售實現(xiàn)、增值稅納稅義務發(fā)生的時間不一致的混亂情況，也可能會產生發(fā)票違章的問題。
4．對與統(tǒng)一核算的設在異地的分支機構之間的貨物移動及銷售方法有無制度規(guī)定?與增值稅法規(guī)對照是否存在內部視同銷售的情況?是否按稅收法規(guī)規(guī)定計算了銷項稅?
第二步，制度執(zhí)行情況檢查，即與增值稅計算相關的企業(yè)內部有關制度的執(zhí)行情況的檢查。檢查目的是明確企業(yè)內部與增值稅計算相關的制度、流程執(zhí)行得怎樣?是否存在影響增值稅計算準確性的因素?是否確實影響了增值稅計算的準確性?檢查制度執(zhí)行情況，除檢查上述第一步企業(yè)內部財會制度是否嚴格執(zhí)行之外，還應著重檢查以下方面：
1．企業(yè)購銷合同是否及時傳遞給財務部，以使財務部了解購銷方式而正確把握納稅義務發(fā)生時間?賒銷的掌控是否有明確的合同規(guī)定?
2．入、出庫單據(jù)是否完備?是否及時順暢傳遞到財務部，使財務部正確把握記錄進項稅的時間和納稅義務發(fā)生時間?
3．企業(yè)贈送、自用商品(或產品)是否及時將相關文件或單據(jù)傳遞到財務部，使財務部正確把握企業(yè)是否存在視同銷售的情況？
4．開具、收到增值稅發(fā)票的審核制度是否健全并認真執(zhí)行?
5．對購入固定資產相關的增值稅計入固定資產成本的制度是如何實施、控制的?
第三步，存貨的檢查。即存貨賬存實存的對照檢查。檢查目的是從存貨角度看企業(yè)購銷中是否存在問題。
1．如果存貨賬實不符且超出了合理耗損程度，是否有毀損、丟失情況?是否進行了非正常損失的賬務處理及稅務處理(進項稅轉出)?
2．除合理損耗、毀損丟失情況外，仍有較嚴重賬實不符情況存在的，則看是否存在漏記銷售及銷項稅、漏轉存貨成本的情況；是否存在入庫單不真實而導致多記進項稅的情況?
第四步，賬簿對應關系的檢查。檢查目的是通過賬簿數(shù)據(jù)的勾對關系檢查是否存在增值稅計算錯誤。主要檢查以下賬簿對應關系：
1．產成品(或庫存商品)與銷售成本的對應關系。即產成品、庫存商品賬戶的貸方發(fā)生額與銷售成本借方發(fā)生額之間是否存在數(shù)字對應的關系。
如果產成品、庫存商品賬戶的貸方發(fā)生額大于銷售成本賬戶的借方發(fā)生額，則可能存在下列情況：
A．企業(yè)有賒銷行為，已將出庫的產成品或庫存商品記入了“分期收款發(fā)出商品”賬戶。
B．財產清查存貨盤虧，調整賬實相符。這種情況應檢查非正常損失是否進行了“進項稅額轉出”處理。
C．庫存商品用于非應稅項目、職工福利、個人消費。這種情況應檢查這部分庫存商品若是本期購入的，是否誤記了進項稅；若是以往購入的經營用庫存商品改變?yōu)樯鲜鲇猛?，則是否進行了“進項稅額轉出”處理。
D．產成品用于非應稅項目、職工福利、個人消費；或庫存商品、產成品用于投資、分紅、贈送等等視同銷售行為。這種情況應檢查這些行為是否記過銷項稅?計算銷項稅的依據(jù)是否依照稅收法規(guī)規(guī)定的同類產品價格、組成計稅價格?
如果產成品、庫存商品賬戶的貸方發(fā)生額小于銷售成本賬戶的借方發(fā)生額，則可能存在下列情況：
A．以前賒銷出庫的貨品在本期實現(xiàn)了銷售，這屬正常情況，可進一步檢查賒銷轉出成本與賒銷實現(xiàn)銷售收入是否匹配。
B．企業(yè)銷售了商品、產品以外的東西，如自制半成品等。這種情況應檢查是否計算了增值稅銷項稅。
C．出口企業(yè)將與出口有關的不許抵扣的進項稅記入了銷售成本，這屬正常情況。可進下步檢查不可抵扣進項稅計算依據(jù)及使用稅率計算是否準確。
2．原材料、包裝物、生產用低值易耗品與生產成本的對應關系。即原材料、包裝物、低值易耗品賬戶的貸方發(fā)生額與生產成本賬戶借方發(fā)生額的原材料轉入數(shù)之間是否存在對應關系。
如果原材料、包裝物、低值易耗品賬戶的貸方發(fā)生額大于生產成本賬戶借方發(fā)生額的原材料轉入數(shù)，則要分析該大于部分的使用方向：
A．是否有用于職工福利、個人消費或不交增值稅的情況?是否有材料盤虧?這些用途的原材料等等都不能計算進項稅。
B．是否有用于贈與、銷售、分紅、對外投資的情況?這些用途都需要計算銷項稅，計稅依據(jù)為同類產品價格或組成計稅價格。
第五步，數(shù)據(jù)、指標分析，即對企業(yè)的一些財務數(shù)據(jù)按增值稅法規(guī)具體要求進行對比。檢查目的是從財務數(shù)據(jù)、指標角度看企業(yè)是否可能存在增值稅違章問題?？芍貦z查以下幾方面：
1．是否存在較長時間的預付、預收、應付、應收款?可進行賬齡分析，探求其原因何在?有無漏轉銷售、多記進項的情況?
2．各期增值稅應納稅額占銷售額的比例情況，與稅務機關公布的正常比例相比是否存在差異?差異的原因是什么?
3．銷售價格與成本相比是否平價或低于成本?如果存在這一問題是何原因?這個問題會引起稅務機關對企業(yè)銷售額的質疑，為防范企業(yè)運用轉讓定價方式避稅

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